Die Runen sind vermutlich weder unabhängig entstanden, noch sind sie von den Germanen als fertiges Schriftsystem übernommen worden, sondern wurden weitgehend eigenständig nach Vorbildern südeuropäischer Schriften entwickelt. Sie treten allerdings schon sehr früh als komplettes Alphabet mit 24 Buchstaben auf. Vor allem die lateinische Schrift, aber auch die zahlreichen vom Lateinischen verdrängten und untergegangenen Schriften des keltisch-alpin-italischen Raums kommen als Vorbilder in Betracht. Die Runen gehen damit -sowohl in ihrem Prinzip einer Buchstabenschrift als auch in der Form vieler Lautzeichen - letztlich auf die große phönizisch-aramäische Familie von Alphabeten zurück, die im 1. Jahrtausend v. Chr. im Gebiet des Libanon und Syriens entstanden sind und zu denen auch alle heutigen europäischen Schriften gezählt werden.

Der Ursprung der Runenschrift ist zeitlich und räumlich kaum zu erhellen, weil die ältesten Belege eben bereits einen etablierten Satz von Zeichen präsentieren. Das erste gesicherte Auftreten von Runen, und zwar auf der Halbinsel Jütland (südlich bis ins heutige Schleswig-Holstein) sowie in Schweden, fällt in die zweite Hälfte des 2. Jahrhunderts (Gegenstände wie z. B. Waffen aus Mooropferplätzen in Jütland wie Vimose, Illerup Ädal, Nydam, Thorsberg). Vorstufen der Schrift, an denen ihre Entstehung nachzuvollziehen wäre, konnten nicht zweifelsfrei identifiziert werden. Das äußerliche Charakteristikum der Runen ist die Vermeidung waagrechter und gebogener Linien, was früher immer wieder die Vermutung aufkommen ließ, dass es sich um eine Buchstabenumformung handelt, die dazu geeignet sein sollte, vor allem in hölzernes Material geritzt zu werden. Man nahm folglich an, dass Vorstufen der Runen nur deshalb nicht bewahrt sind, weil ihr mutmaßlicher Träger Holz sich schlechter als Metall erhalten hat. Neuere Funde (z.B. Moorfunde von Illerup Ã…dal, Dänemark) zeigen jedoch auch gerundete Formen (z.B. bei der Odal-Rune) auf metallenen Waffenteilen.

Es werden drei Thesen zur Entstehung der Runenschrift vertreten.